میکروسکوپ کانفوکال، روشی اپتیکی برای تصویربرداری است که رزولوشن و کنتراست اپتیکی تصویر را افزایش می دهد. این افزایش به گونه ای است که با قرار دادن pinhole در صفحه ی کانونی نور های خارج از فوکوس حذف می­شود.

در نتیجه این قابلیت به میکروسکوپ کانفوکال این اجازه را می­دهد تا با اسکن کردن نمونه در عمق های متفاوت، تصویری از ساختار سه بعدی نمونه را تشکیل دهد.

همچنین این روش تصویربرداری، به افزایش رزولوشن و کیفیت تصویر به خصوص در راستای عمق نمونه کمک می­کند.